Pagrindinė transplantacijos nesėkmė – persodinto organo ar audinio atmetimas dėl recipiento ir transplantanto genetinių skirtumų. Transplantatas tampa recipiento organizmui „svetimas“. Manoma, kad transplantatas turi antigenų, kurie sukelia recipiento organizme atmetimo reakciją.
Autogeninės ar izogeninės transplantacijos nesėkmes lemia ne imuniniai, bet kiti veiksniai: operavimo technika, kraujotakos sutrikimų infekcijos. Sėkminga homogeninė transplantacija dažniau būna tarp kraujo giminių: tėvų, brolių, seserų, pusbrolių. Be specialaus gydymo vaistais ir kitomis priemonėmis heterogeninės transplantacijos rezultatai retai būna teigiami. Išimtis yra nevaskuliuoti (neturintys kraujagyslių) transplantantai, kai yra mažas ryšys su transplantanto antigenais (pavyzdžiu, kiaulės širdies vožtuvų persodinimas žmogui).